Scooby-Doo e seus amigos embarcam em uma emocionante jornada em busca do do misterioso baú perdido contendo os espíritos de 12 perigosos fantasmas, na intenção de capturar o 13º fantasma que escapou. Enquanto o mundo inteiro está em perigo pela ameaça do ser fantasmagórico, eles precisam correr contra o tempo para solucionar mais um mistério.

Tentando deixar os dias de resolução de mistérios para trás, a turma do Scooby tira férias em uma ilha tropical, mas o sossego não dura muito... porque um exército de zumbis os espera!

Scooby Doo juntamente com sua nova turma Scrappy Doo e Shaggy vão para uma nova e engraçada aventura em busca de uma herança em uma casa mal assombrada. Para encontrá-la eles terão que enfrentar seus próprios fantasmas além de passagens secretas, esqueletos e muitas outras coisas assustadoras.

A equipa da "Mistério S.A." arranjam trabalhos de Verão num campo de férias pertencente ao tio da Daphne, onde se deparam com acontecimentos estranhos em redor do lago - incluindo pedras-da-lua, personagens assustadores e um Monstro Sapo à solta. Existe mistério e romance no ar que apenas Fred, Velma, Daphne, Salsicha e Scooby-Doo conseguem desvendar.

Salsicha, Scooby-Doo e toda a turma desembarcam nas belíssimas praias do Havaí para o Concurso de Surfe Big Kahuna de Hanahuna. Lá, porém, descobrem que existe um terrível monstro pronto para mostrar-lhes o verdadeiro significado da palavra medo.

Scooby-Doo e seus amigos partem em uma aventura inesquecível na Nova Inglaterra, onde investigam a assombração de uma pousada colonial histórica.

O combate ao crime é um trabalho em tempo integral e Batman nunca tira férias. Isso até quando ele finalmente concorda em deixar Batgirl e Asa Noturna levá-lo para uma merecida viagem – deixando a cidade de Gotham sob os olhares atentos da Liga da Justiça. Mas Batman está longe de tirar um descanso quando o trio encontra um velho inimigo em sua aventura, e a Liga da Justiça descobre o quão ocupado Batman fica no dia a dia.

Na trama, o Flash Reverso usa a força de aceleração para voltar no tempo e afetar a vida do Flash. Batman, Superman, Mulher-Maravilha, Ciborgue, Zatanna e Senhor Destino são alguns dos personagens do filme.

Com a Liga da Justiça recém formada, o crime não avança em Metropolis. Isso irrita muito a Lex Luthor, então ele com Black Manta, Sinestro e outros vilões, cria sua própria liga, a Legião do Mal, para atacar um site top-secret do governo, a Área 52. Superman, Batman, Wonder Woman e outros super herois vão enfrentar os maiores super-vilões.

Esta adaptação do videogame apresenta Batman, Flash, Mulher Maravilha, Lanterna Verde, Coringa e mesmo Yoda e Indiana Jones em uma aventura cômica, parodiando os filmes de super-heróis. Esta Liga da Justiça deve combater os vilões Lex Luthor e Coringa, que pretendem destruir a cidade de Gotham.

Brainiac quer adicionar a Terra em sua coleção de mundos. Entretanto, quando o vilão descobre o seu "firewall": a Liga da Justiça, ele desloca diversos heróis para outros períodos da história do planeta. Batman, Flash e Cyborg deve construir e usar a escada rolante Cosmic para correr ao longo do tempo e resgatar seus companheiros.

Super-Homem, Batman, Mulher-Maravilha, Cyborg e o Lanterna Verde Guy Gardner reencontram Bizarro, o clone mal-feito do Azulão, que voltou à Terra para clonar os heróis, a fim de enfrentar Darkseid e um plano maligno que pode destruir o Mundo Bizarro. Surgem então Batzarro, Bizarra, Cyzarro e Verdezarro. Cabe agora à Liga da Justiça e à Liga Bizarra unirem forças para enfrentar o perigoso vilão.